No existe ninguna carencia nutricional con una dieta saludable, variada y equilibrada, ya que los alimentos con gluten se pueden sustituir por otros alimentos que también nos cubren las mismas necesidades, por lo que no debería de haber carencia de ningún nutriente. Sí que es cierto que al inicio de la dieta sin gluten nos podemos encontrar con carencias por el problema de absorción de nutrientes prediagnóstico, que podemos recobrar ante la recuperación de las vellosidades intestinales y la correcta absorción de la dieta.